מחקרים

לגנים ממשפחת ה-TRIM ישנה השפעה על הפרוגנוזה של חולי IPF

רמות הביטוי של גנים ממשפחת ה-TRIM בחולי פיברוזיס ריאתי אידיופתי מאפשרות לנבא את השרידות הכוללת. בנוסף לכך, נמצא כי גם לרמות תאי ה-CD4+ T ותאי הפיטום ישנה משמעות פרוגנוסטית

ביטוי גנים (אילוסטרציה)
ביטוי גנים (אילוסטרציה)

גנים ממשפחת ה-Tripartite motifי(TRIM) מעורבים בפתוגנזה ובהתפתחות של תהליכים ביולוגיים שונים. במחקר שממצאיו פורסמו בכתב העת 'BMC Pulmonary Medicine', מטרת החוקרים הייתה לבדוק את הערך הפרוגנוסטי של גנים ממשפחת ה-TRIM בחולי פיברוזיס ריאתי אידיופתי (IPF: idiopathic pulmonary fibrosis).

החוקרים בחנו ביטוי גני בהתבסס על תאים משטיפה ברונכואלוואולרית (BAL: bronchoalveolar lavage), ואספו נתונים קליניים על שלוש עוקבות IPF בלתי תלויות מהמערך GSE70866 של מסד הנתונים Gene expression omnibusי(GEO). החוקרים השוו את הגנים של TRIM המבוטאים בצורה דיפרנציאלית (DETG: Differentially expressed TRIM genes) בין חולי ה-IPF לתורמים הבריאים. נתונים אלו שימוש על מנת לבסס חתימת סיכון על ידי אנליזת רגרסיית קוקס. חתימת הסיכון אומתה גם בעוקבות IPF אחרות, ונעשתה השוואה אל מול חתימות שפורסמו בעבר. בנוסף לכך, החוקרים ערכו אנליזת העשרה תפקודית (functional enrichment analysis) על מנת לבדוק את המנגנונים הפוטנציאליים. לבסוף, PCR כמותי בזמן אמת (quantitative real time PCR) שימש לצורך אימות הביטויים של הגנים המרכזיים ב-BAL של 12 חולי IPF ו-12 נבדקי ביקורת שאינם חולי IPF, המטופלים במוסדם של החוקרים.

במסגרת המחקר זוהו ארבעה DETGs, כולל TRIM7, MEFV, TRIM45 ו-TRIM47, אשר נקשרו באופן מובהק לשרידות הכוללת (OS) של חולי IPF (P < 0.05). החוקרים ערכו אנליזת רגרסיית קוקס מרובת צעדים על מנת לבנות חתימה פרוגנוסטית של 4-TRIM-gene. חולי ה-IPF סווגו לקבוצות סיכון, נמוכה וגבוהה, לפי ערך הסיכון הממוצע של החתימה הפרוגנוסטית של TRIM בעוקבות האימון והאימות. חולי ה-IPF בקבוצת הסיכון הנמוך הראו יתרון ברור של ה-OS בהשוואה לקבוצת החולים בסיכון הגבוה (P < 0.01). שימוש ב-time-dependent receiver operating characteristic approach זירז את אימות הערך המנובא של החתימה הפרוגנוסטית של TRIM בעוקבות האימון והאימות, ובהשוואה לחתימות אחרות שפורסמו. כמו כן, חקירה נוספת של תאי חיסון והשרידות של חולי IPF הדגימה כי שיעור גבוה יותר של תאי זיכרון CD4+ T במנוחה ותאי פיטום (מאסט) במנוחה מעיד גם כן על יתרון ב-OS לעומת שיעור נמוך של תאים אלו. עוד הודגם כי שיעור נמוך של נויטרופילים, תאים דנדריטים פעילים ותאי NK משופעלים הצביע על פרוגנוזה גרועה יותר.

לסיכום, לגנים ממשפחת ה-TRIM ישנה חשיבות מובהקת בפרוגנוזה של חולי IPF. החוקרים מציינים כי החתימה שהדגימו עשויה לשמש כמודל לניבוי השרידות הכוללת בחולים אלו.

מקור:

Zhou, M., Ouyang, J., Zhang, G. et al. Prognostic value of tripartite motif (TRIM) family gene signature from bronchoalveolar lavage cells in idiopathic pulmonary fibrosis. BMC Pulm Med 22, 467 (2022). https://doi.org/10.1186/s12890-022-02269-4

נושאים קשורים:  מחקרים,  פיברוזיס ריאתי אידיופתי,  ביטוי גנים,  שרידות,  פרוגנוזה
תגובות